Voor middelbare scholieren zoals Shouichi Kamita zijn toelatingsexamens voor de universiteit en de toekomst veelvoorkomende zorgen. Het is ook in deze levensfase dat een mysterieuze emotie die mensen van alle leeftijden bezighoudt, zich kan gaan opdringen: liefde. In deze fase van zijn tienerjaren vindt Shouichi drie meisjes met wie hij een toekomst ziet: de altijd vrolijke Hikari Tsuneki, die Shouichi genadeloos plaagt maar eigenlijk een zachtere kant heeft; de fanatieke gamer Tooru Miyamae, die moeite heeft met communiceren; en Shouichi's jeugdvriendin Kyouko Touno, de soms wat onvolwassen liefhebber van shoujo-manga. Seiren volgt Shouichi's relaties met deze drie meisjes in drie afzonderlijke verhaallijnen, waarin hun gevoelens groeien van wederzijdse interesse tot iets veel mooiers.